(一)办公室

    负责文电、档案、会务、机要、安全保卫、宣传报道、对外合作等工作；负责财务、资产管理和后勤等工作；负责人事工作；负责重大事项督办工作；负责信息化建设工作。

（二）综合业务部（加挂标准化信息所牌子）

    负责样品接收、流转和样品库房的管理；负责检验报告、检定证书的打印、发放和管理；负责检验数据统计上报工作；负责检验耗材、消耗品的采购工作，负责易制毒试剂的申购、管理工作；负责标准信息服务工作。

    标准化信息所—负责科研管理工作。包括组织中心年初科研工作计划、制定立项在研项目的考核细则、年终对科研工作的考核、奖励工作；制定、完善和管理科技工作相关制度；中心科研项目的立项、申请、验收、结题、成果鉴定等相关工作；学术论文的撰写和发表；负责组织参加地方规范、省级地方标准、国家标准的制修定工作。

（三）质管部

    负责质量体系的起草、修订、运转和维护；负责仪器设备、标准物质、标准菌株管理；负责技术资料管理；负责人员培训；负责机构考核（核准）；对各项检验检定工作进行监督。

（四）食品检验所

    负责食品检验和风险监测工作。承担国家普洱茶产品质量监督检验中心的检验检测任务。

（五）计量测试所

    负责计量检定、校准、测试工作。

（六）特种设备检验所

    负责特种设备检验工作。

（七）轻工建材检验所

    负责除食品外的产品质量检验检测工作。